O combate ao mosquito transmissor da dengue, do zika vírus e da febre chikungunya, o Aedes Aegypti, também faz parte da rotina das obras de construção do Coletor Tronco Cidade Nova. Semanalmente, os profissionais que atuam na obra de saneamento tratam a água de todos os poços abertos no solo para as escavações subterrâneas.
 
No tratamento é aplicada uma substância chamada de hipoclorito de sódio, que libera um residual de cloro ativo nas águas, impossibilitando a proliferação das larvas. A quantidade de hipoclorito de sódio despejado é calculada através do volume de água dos poços e todo o procedimento é anotado para o controle das ações ambientais realizadas na obra.
 
A obra faz parte do Programa de Saneamento Ambiental dos Municípios do Entorno da Baía da Guanabara – PSAM, da Secretaria de Estado do Ambiente. O projeto consiste na ampliação da rede coletora de esgoto, com a construção de um novo tronco coletor que captará esgoto sanitário de parte dos bairros da região do Centro e adjacências.
 
O novo tronco coletor evitará o despejo de cerca de mil litros de esgoto in natura por segundo, que poluem o Canal do Mangue, desaguando nas águas da Baía de Guanabara. Na construção está sendo adotado o método não destrutivo (MND), que possibilita a implantação das tubulações sem maiores transtornos à população e ao trânsito da região. A obra prevê, também, a recuperação dos sistemas de coleta de esgotos da região já existentes.